Glavna konfiguracija EDI modula se obično vrti oko tri oblasti: komunikacijska interoperabilnost, obrada podataka i poslovna saradnja. Ovo osigurava stabilnu i tačnu razmjenu poslovnih podataka između različitih sistema preduzeća. U praksi, ove konfiguracije se generalno završavaju u okviru integracijske platforme ili međuopreme, i prilagođavaju se prema zahtevima različitih partnera.
Konfiguracija komunikacijskog sloja fokusira se na postavljanje metode interoperabilnosti i sigurnosnih parametara, kao što je korištenje protokola za prijenos kao što su AS2, SFTP ili VAN mreže. Takođe zahteva konfigurisanje identifikacionih informacija (Partner ID), sertifikata, metoda šifrovanja i pravila potpisa obe strane u komunikaciji kako bi se osigurala sigurnost i integritet podataka tokom prenosa. Nadalje, postavke reda poruka, mehanizmi ponovnog pokušaja i pravila vremenskog ograničenja također potpadaju pod ovaj odjeljak, koji se koristi za poboljšanje pouzdanosti prijenosa.
Konfiguracija podataka i poslovanja uglavnom uključuje definicije tipa poruka, pravila mapiranja polja i pravila konverzije formata. Strukture podataka se često razlikuju između preduzeća, tako da su konfiguracije mapiranja potrebne za mapiranje internih sistemskih polja u EDI standardna polja. Pravila za pokretanje poslovanja su takođe konfigurisana, kao što su generisanje narudžbine, povratne informacije o isporuci ili ciklusi usklađivanja, što omogućava da se EDI razmena podataka ugradi u specifične poslovne procese.