EDI moduli se obično sastoje od nekoliko ključnih komponenti koje rade zajedno na standardizaciji i automatizaciji prijenosa podataka između poduzeća. Uopšteno govoreći, mogu se podijeliti na sloj konverzije podataka, sloj prijenosa komunikacije, sloj poslovnog mapiranja i sloj sistemske integracije, svaki sa svojim vlastitim odgovornostima.
Modul za konverziju i mapiranje podataka je jedna od ključnih komponenti EDI-ja. Odgovoran je za pretvaranje sirovih podataka iz internih sistema preduzeća (kao što su ERP ili CRM podaci) u EDI poruke koje su u skladu sa standardnim formatima, kao što su EDIFACT ili ANSI X12. Istovremeno, on je takođe odgovoran za obrnuto raščlanjivanje podataka od eksternih partnera, pretvarajući ih u strukturirane podatke prepoznatljive od strane internih sistema preduzeća. Pravila mapiranja polja i pravila validacije podataka igraju ključnu ulogu u ovom procesu.
Modul komunikacije i prijenosa je prvenstveno odgovoran za siguran prijenos EDI poruka između različitih poduzeća. Uobičajene metode uključuju VAN mreže, AS2 protokole ili API{2}}bazirane metode prijenosa. Ovaj modul obično uključuje redove poruka, mehanizme ponovnog pokušaja i praćenje statusa prijenosa kako bi se osigurala pouzdana isporuka podataka čak iu složenim mrežnim okruženjima.
Modul za sistemsku integraciju i upravljanje se koristi za ugrađivanje EDI mogućnosti u postojeće poslovne sisteme preduzeća. Obično je duboko integrisan sa ERP, WMS ili sistemima za upravljanje lancem snabdevanja kako bi se automatizovali poslovni procesi kao što su obrada narudžbi, isporuka i usaglašavanje. Istovremeno, ovaj modul pruža funkcije evidentiranja, rukovanja izuzetcima i nadzora, olakšavajući praćenje i upravljanje procesima razmjene podataka za preduzeća.