Rutinsko održavanje MBR membrana zahtijeva kontinuirano upravljanje, obično na sat ili dnevnoj bazi. Na primjer, sistemi za aeraciju moraju raditi 24 sata dnevno kako bi spriječili nakupljanje mulja na površini membrane. Periodično onlajn ispiranje se izvodi tokom rada, obično svakih nekoliko minuta do desetina minuta, kako bi se održao stabilan protok membrane. Ova faza je kontinuirano održavanje i ne uključuje zastoje.
Redovno održavanje je obično na sedmičnoj ili mjesečnoj bazi. Intenzivno ispiranje ili restaurativno čišćenje izvodi se otprilike svake 1-4 sedmice kako bi se uklonili postepeno nakupljeni organski zagađivači i začepljenja čestica. Ako sistem radi sa lošim kvalitetom vode ili velikim opterećenjem, učestalost održavanja će se povećati kako bi se spriječio kontinuirani porast transmembranske razlike tlaka (TMP).
Dubinsko održavanje i hemijsko čišćenje se obično obavljaju svakih 3-6 meseci. Hemijsko čišćenje (CIP) koristi sredstva kao što su natrijum hipohlorit i limunska kiselina za uklanjanje nepovratnih zagađivača. Za sisteme sa boljim radnim uslovima, ciklus se može produžiti na 6-12 meseci ili čak i duže. Razumni ciklusi održavanja mogu značajno produžiti životni vijek membranskog bioreaktora i održati stabilne performanse efluenta.